1901
Das Amtsgericht Köpenick mit angeschlossenem Gefängnis und Innenhof wird ab 1899 im Auftrag der Königlich-Preußischen Justizverwaltung am Hohenzollernplatz 5 (heute Mandrellaplatz) erbaut. Der viergeschossige, unterkellerte Ziegelbau wird 1901 in Betrieb genommen. Neben den beiden Gebäudeflügeln mit den Zellen für Männer und Frauen auf mehreren Etagen umfasst der Gebäudekomplex auch ein Wohnhaus für das Bewachungspersonal.
1933
Im Mai 1933 mietet der selbständigen SA-Sturmbann 15 das Wachtmeisterhaus als Geschäftsstelle an. Bis August 1933 fungiert das leer stehende Gebäude nicht nur als Stabsquartier des Köpenicker Sturmbanns, sondern auch als zentrale Haftstätte für politische Gegner und rassistisch Verfolgte. Einen Höhepunkt des frühen SA-Terrors in der Reichshauptstadt stellte die „Köpenicker Blutwoche“ vom 21. bis 26. Juni 1933 dar. Angehörige von SA, SS und Gestapo verschleppen mehrere Hundert Menschen. Im Amtsgerichtsgefängnis sollte ein Teil der Häftlinge konzentriert werden, weswegen man sie aus den Sturmlokalen durch die Straßen Köpenicks trieb. Innerhalb weniger Tage werden mindestens 200 Menschen im Amtsgerichtsgefängnis festgehalten. Gerade die im zweiten Stockwerk befindliche Gefängniskapelle, besser bekannt als Betsaal, avancierte zum Tatort unbeschreiblicher Misshandlungen. Bislang sind 23 Todesopfer namentlich bekannt, von denen nachweislich zwei – die Sozialdemokraten Johannes Stelling und Paul von Essen – innerhalb der Gefängnismauern getötet und die Leichen später in Leinensäcken in den Fluss Dahme geworfen werden. Bereits im Herbst 1933 dient das Amtsgerichtsgefängnis wiederum als Arrest. Später findet der Gefängnisbau die Verwendung des Sicherheitsdienstes (SD).
1945
Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges wird das Gefängnisgebäude als Männerjugendhaftanstalt genutzt, von 1954 bis 1959 als Militäruntersuchungsgefängnis.
1964
Von 1964 bis 1991 unterhält das Fernsehen der DDR das Gebäude zur Unterbringung des Kostümfundus und einer Schneiderei.
1980
Am 8. Mai 1980 wird auf Initiative des Köpenicker Kreiskomitees der Antifaschistischen Widerstandskämpfer der DDR (KdAW) und der bei der SED-Kreisleitung angesiedelten „Kommission zur Erforschung der Geschichte der örtlichen Arbeiterbewegung“ die Errichtung eines „Antifaschistischen Traditionskabinettes“ im ehemaligen Amtsgerichtsgefängnis beschlossen. In einem Teil des Kellergewölbes wird ein Gedenkraum eingerichtet. Da der kleine Raum bald schon nicht ausreicht, wird bis 1985 durch eine Arbeitsgruppe ein Konzept für eine Erweiterung erarbeitet.
1987
Die Ausstellung „Traditionsstätte des nationalsozialistischen Widerstandes in Berlin-Köpenick 1933–1945“ wird anlässlich der 750-Jahr-Feierlichkeiten Ost-Berlins eröffnet.
1990
Ab Herbst 1990 übernahm der „Interessenverband ehemaliger Teilnehmer am antifaschistischen Widerstand, Verfolgter des Naziregimes und Hinterbliebener“ (IVVdN) die Ausstellung.
1993
Nach Kritik an der Reproduktion des DDR-Geschichtsbildes wird eine neue Dauerausstellung präsentiert und die „Gedenkstätte Köpenicker Blutwoche Juni 1933“ in die Trägerschaft des damaligen Bezirks Köpenick übernommen.
1995
Die Ausstellung wird durch die Leitung des Museums Köpenick 1994/95 und 2008 mehrfach überarbeitet.
2001
Wegen Personalmangels wird die Gedenkstätte Anfang des Jahres 2001 geschlossen. Später ist sie über etliche Jahre hinweg nur donnerstags für Besucher:innen zugänglich.
2013
Die Eröffnung der neu konzipierten Ausstellung findet aus Anlass des 80. Jahrestages des Beginns der „Köpenicker Blutwoche“ am 21. Juni 2013 in der Gedenkstätte statt. Die Förderung erfolgt im Rahmen des vom Land Berlin initiierten Themenjahres „Zerstörte Vielfalt“.
2016
Um die Entwicklung der Gedenkstätte zu einem Erinnerungs- und Bildungsort von überregionaler Bedeutung am historischen Ort des ehemaligen Amtsgerichtsgefängnisses voranzutreiben, wird durch den Bezirk Treptow-Köpenick ein Kuratorium ins Leben gerufen. Das Kuratorium legt bis 2018 ein fundiertes inhaltliches und räumliches Konzept für die Gedenkstätte vor. Dieses Konzept wird im Februar 2019 von der Bezirksverordnetenversammlung Treptow-Köpenick verabschiedet.
2020
Die Berliner Künstlerin Renate Herter erschafft die Raum-Klang-Installation „Es waren Nachbarn, es sind Menschen“ in einer Zelle des von der Gedenkstätte genutzten Gebäudetraktes. Das Kunstwerk war in einem im Jahr zuvor durchgeführten Wettbewerb ausgewählt worden.
2024
In den folgenden Jahren werden Entwicklungen durch das Bezirksamt verschlafen. Nachdem die wissenschaftlichen Fachmitglieder das Kuratorium im März 2024 aus Protest verlassen, erfolgt die stille Auflösung desselbigen. Zugleich wird bekannt, dass die landeseigene Berliner Immobilienmanagement GmbH (BIM) mit dem Verein KuKuK e.V., der bereits seit 2012 einen Großteil der Liegenschaft anmietet, erneut einen langfristigen Mietvertrag bis 2033 abgeschlossen hat.
2026
Mit einem Offenen Brief an die Verantwortlichen auf Landes- sowie auf Bezirksebene schlagen die Unterzeichner:innen Alarm.
2033
Die Zukunft der Gedenkstätte ist zum 100. Jahrestag von nationalsozialistischer Machtübernahme am 31. Januar 1933 und des Beginns der „Köpenicker Blutwoche“ am 21. Juni vollkommen ungewiss.